Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- a -

• ac : reference_variant, sparse_ref_variant
• af : target_variant
• alt : reference_site_info, target_variant
• alt_allele_offsets : sparse_ref_variant

- c -

• chrom : genetic_map_file::record, recombination::map_file_line, reference_site_info, target_variant
• cm : reference_site_info

- d -

• description : getopt_wrapper::option_with_desc
• dosages_ : full_dosages_results

- e -

• err : reference_site_info, target_variant

- g -

• gt : reference_variant, target_variant

- i -

• id : reference_site_info, target_variant
• in_ref : target_variant
• in_tar : target_variant

- l -

• long_options_ : getopt_wrapper
• loo_dosages_ : full_dosages_results

- m -

• map_value : genetic_map_file::record, recombination::map_file_line
• max_long_opt_length_ : getopt_wrapper

- o -

• opts_ : getopt_wrapper

- p -

• pos : genetic_map_file::record, recombination::map_file_line, reference_site_info, target_variant

- r -

• recom : reference_site_info, target_variant
• ref : reference_site_info, target_variant

- s -

• short_opt_string_ : getopt_wrapper

- u -

• usage_str_ : getopt_wrapper