Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- a -

• all_typed_sites() : prog_args
• append_block() : reduced_haplotypes

- b -

• begin() : reduced_haplotypes
• block_idx() : reduced_haplotypes::iterator
• block_local_idx() : reduced_haplotypes::iterator
• blocks() : reduced_haplotypes

- c -

• cardinalities() : reduced_haplotypes::iterator, unique_haplotype_block
• chunk_size() : prog_args
• clear() : unique_haplotype_block
• cm_to_switch_prob() : recombination
• compress_reference() : prog_args
• compress_variant() : reduced_haplotypes, unique_haplotype_block
• compression_ratio() : reduced_haplotypes

- d -

• decay() : prog_args
• deserialize() : unique_haplotype_block
• diff_threshold() : prog_args
• dimensions() : full_dosages_results
• dimensions_loo() : full_dosages_results
• dosage() : full_dosages_results
• dosage_writer() : dosage_writer

- e -

• emp_out_path() : prog_args
• end() : reduced_haplotypes
• error_param() : prog_args
• expanded_haplotype_size() : unique_haplotype_block

- f -

• fail_min_ratio() : prog_args
• fill_cm() : reduced_haplotypes, unique_haplotype_block
• fill_cm_from_recom() : unique_haplotype_block
• fill_eov() : full_dosages_results
• fmt_fields() : prog_args

- g -

• genetic_map_file() : genetic_map_file
• getopt_wrapper() : getopt_wrapper
• global_idx() : reduced_haplotypes::iterator
• good() : genetic_map_file

- h -

• haldane() : recombination
• haldane_inverse() : recombination
• help_is_set() : prog_args
• hidden_markov_model() : hidden_markov_model

- i -

• impute_chunk() : imputation
• interpolate_centimorgan() : genetic_map_file
• iterator() : reduced_haplotypes::iterator

- l -

• loo_dosage() : full_dosages_results

- m -

• map_path() : prog_args
• max_block_size() : prog_args
• merge_temp_files() : dosage_writer
• min_block_size() : prog_args
• min_r2() : prog_args
• min_ratio() : prog_args
• min_recom() : prog_args

- o -

• operator bool() : genetic_map_file
• operator*() : reduced_haplotypes::iterator
• operator++() : reduced_haplotypes::iterator
• operator--() : reduced_haplotypes::iterator
• operator->() : reduced_haplotypes::iterator
• option_with_desc() : getopt_wrapper::option_with_desc
• out_compression() : prog_args
• out_format() : prog_args
• out_path() : prog_args
• overlap() : prog_args

- p -

• parse() : prog_args
• parse_map_file() : recombination
• pass_only() : prog_args
• pop_variant() : unique_haplotype_block
• print_mean_er2() : dosage_writer
• print_usage() : getopt_wrapper
• prob_threshold() : prog_args
• prob_threshold_s1() : prog_args
• prog_args() : prog_args

- r -

• reduced_haplotypes() : reduced_haplotypes
• ref_path() : prog_args
• reference_site_info() : reference_site_info
• reference_variant() : reference_variant
• region() : prog_args
• remove_eov() : unique_haplotype_block
• resize() : full_dosages_results

- s -

• sample_ids() : prog_args
• serialize() : unique_haplotype_block
• sites_out_path() : prog_args
• slope_unit() : prog_args
• sparse_ref_variant() : sparse_ref_variant
• switch_prob_to_cm() : recombination

- t -

• tar_path() : prog_args
• temp_buffer() : prog_args
• temp_prefix() : prog_args
• threads() : prog_args
• total_impute_time() : imputation
• total_input_time() : imputation
• total_output_time() : imputation
• traverse_backward() : hidden_markov_model
• traverse_forward() : hidden_markov_model
• trim() : unique_haplotype_block

- u -

• unique_haplotype_size() : unique_haplotype_block
• unique_map() : reduced_haplotypes::iterator, unique_haplotype_block
• update_m3vcf() : prog_args

- v -

• variant_size() : reduced_haplotypes, unique_haplotype_block
• variants() : unique_haplotype_block
• version_is_set() : prog_args

- w -

• write_dosages() : dosage_writer